Структура подразделения состоит из четырех отделов

• отдел научных исследований, инноваций и подготовки научно- педагогических кадров
• Международный научно исследовательский центр “ALFRAGANUS” 
• Редакция
• Отдел по работе с одаренными студентами

1. Основные задачи Отдела научных исследований, инноваций и подготовки научно- педагогических кадров

Организация научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по приоритетным направлениям развития республики, подготовка докторов философии (PhD) и докторов наук (DSc), поддержка научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, проводимых на кафедрах профессорско-преподавательским составом вузов. Координация и контроль правильного оформления деловых документов

2. Основные задачи Международного научно-исследовательского центра “ALFRAGANUS” 

Международный исследовательский центр Университета Альфраганус занимается переводом и изучением редких рукописей по научному наследию и истории ученых нашей страны, изданных на арабском, персидском, казахском и турецком языках. Также действует издательство «Университет Альфраганус». В центре издаются международные научные журналы «CARJIS», «Alfraganus» и студенческая газета «Alfraganus vorislari». Также вхождение Университета Альфраганус в рейтинг QS-1000 обусловлено публикацией литературы за рубежом в сотрудничестве с зарубежными образовательными учреждениями.

3. Основные задачи Редакции

Отдел осуществляет отбор и редактирование научной литературы, монографий и статей, принимаемых в университетские научные журналы, издаваемые в университете, а также обеспечивает качество работ при их публикации, непосредственно взаимодействуя с авторами статей и монографий.

4. Основные задачи Отдела по работе с одаренными студентами

Вовлекать студентов в научно-исследовательскую деятельность и помогать им проявлять свои таланты во всех областях. Помогать и поощрять их достигать вершин творчества и знаний, а также создавать среди них атмосферу здоровой конкуренции.